Para entender la historia de Five Nights at Freddy’s hay que saber que gira alrededor de una cadena de restaurantes infantiles con animatrónicos, creada por Henry Emily y William Afton. Al inicio, los locales parecen lugares normales para niños, pero William Afton resulta ser un asesino que mata a varios niños dentro de los restaurantes. Para ocultar los crímenes, esconde los cuerpos dentro de los trajes animatrónicos, lo que provoca que las almas de los niños queden atrapadas en ellos, haciendo que los animatrónicos se muevan solos y se vuelvan agresivos por la noche.
Con el tiempo, los animatrónicos empiezan a atacar a los adultos porque confunden a las personas con William Afton, a quien odian. Afton, obsesionado con la idea de la inmortalidad y con estudiar lo sobrenatural, descubre que el dolor y las almas producen una sustancia llamada remnant, que puede dar vida a los objetos. Mientras tanto, su propia familia se rompe: uno de sus hijos muere tras un accidente con Fredbear (la